Eesti Turismifirmade Liidu kõrgeim organ on volikogu. Iga põhiliige esitab volikogu koosseisu ühe voliniku. Volinike hulgast valitakse iga kahe aasta tagant president ja juhatuse liikmed. Volikogu korralised koosolekud toimuvad kaks korda aastas: kevad- ja sügiskoosolek.

Volikogu istungite vahelisel ajal juhib ETFLi tööd juhatus, kes valib enda hulgast asepresidendi ning määrab ametisse tegevdirektori. Juhatus lahendab ETFLi tööga seonduvaid jooksvaid küsimusi, mis ei nõua volikogu kokkukutsumist ning kutsub kokku volikogu istungeid.

ETFLi tegevdirektor korraldab liidu igapäevast tööd, suhtleb riigiasutuste, liitude ja firmadega ning rahvusvaheliste organisatsioonidega. Tegevdirektori kohuseks on edastada liikmesfirmadele infot ning hoida neid toimuvaga kursis.